不動産屋を挟んでの住居賃貸と、個人間での住居賃貸における違いやデメリットを教えてください。

たしかに仲介手数料かかりますし、もしそのまま管理までお願いすると費用がかかりますが、まさしく、おっしゃるとおり、契約書どうする、未納が発生したらどうする、修繕などが発生したときの対応どうする、退去時の原状回復精算どうするというところが必ず賃貸人としては考えておかなければいけないところです。
不動産会社を挟まずご自身で管理されている賃貸人の方も多いですが、皆さん苦労されているのは、賃借人と直接やり取りをしなくてはいけないという点です。
賃借人によっては、修繕でも揉め、原状回復でも揉め、ということで大変な思いをされている賃貸人もおられます。
まずはそのような苦労をする可能性があるというリスクと、不動産会社を間に挟むことでそのような手間はかからない分、手数料の支払いが発生することを比較されて、どうされるのかご検討ください。

そのうえでご自身で管理されるということであれば、必ず、ネット上などにも公開されておりますが、一般的な普通賃貸借契約書を必ず締結し、それぞれトラブルが発生した場合には、基本的には契約書の記載に沿って具体的な対応を進めていくということをご自身で行っていくことになります。
トラブルが多いのは、やはり金銭面（賃料の未納、修繕が発生したときにどちらの費用負担とするのか、原状回復費用の精算）ですので、契約書の内容は確認なさってください。