土地及び建物の使用貸借についてのご質問です。

①その地域ががどのような風習があるかは分かりませんが極端な風習というものはありません。借地権料も通常に設定されているはずです。

使用貸借にするかどうかについては、税金の関係もありますので、一度無料税理士相談などでご相談された方がよろしいかと思います。

②地代の計算は、積算法は不動産鑑定士などの専門家が算定する手法とされております。
他の類似物件の賃料状況がある程度わかるのであれば、賃貸事例比較法もよく使用されております。

③この点については、なかなか難しく、たとえば、税務署や裁判所が、本件の賃貸借がどのような類型に当たるのかを判断する場合には、
①土地、建物の固定資産税額、地代の周辺相場などの比較、
②契約当時から現在迄の事情・状況（本件では賃料・地代を意識して、さらに相殺処理するような当事者の意思もあったのか、

あるいは、親子なのでお互い地代・賃料の意識はなく無償という認識であり、相殺処理など念頭にもなかった等の事情です）

③各当事者の人的関係（親子）といった要素を踏まえ、総合的に「対価性があったかどうか」を判断します。
この点も専門家に一度ご相談された方がよろしいと思います。