建築確認申請のやり直しと仕様変更費用の負担に関して相談させて下さい。

Q.ご相談内容

＜属性＞
・新築一戸建（木造３階建）
・建築条件付き、土地＋建物＝●万円というセット商品（ただし間取りは買主にてある程度自由に決められる仕様）
＜状況＞
１２月中旬に建築確認申請が終わり、建築工程表の提示待ち（基礎工事にも入っていない。）
＜事象＞
・建築確認申請前では洋室（居室）となっていた部屋が建築確認申請後は納戸となっていた。
・３Ｆ北側の部屋（居室目的）で、クローゼット有、２面は窓有となっていたが、北側が隣と近接していたため居室としての採光基準に満たなかった模様。
・建築士から買主に納戸で申請するとの説明なし。不動産会社からは建築請負契約書に「目的物件の建築確認申請の際に居室部分を納戸申請する場合がございます。」との規定があり、買主への確認が不要との認識が示される。
・不動産会社に、当部屋をどうにか「居室」とするよう相談したところ、トップライト窓とすれば可能との話があり、建築確認申請のやり直しを含め、現在不動産会社にて進め方を検討中
＜補足＞
・間取りは買主にて変更を加えたが、最初の間取りの提案書においても上記部屋部分は間取りの変更は加えていないが洋室の記載となっている。また、この部屋を含めて「４ＬＤＫ」との記載となっている。（その他注意文言なし）
＜ご照会＞
・タイミングが間に合ったため、当部屋を「居室」とするよう進められそうですが、トップライト窓とするための費用負担はセット商品の費用に含まれませんでしょうか。＜補足＞にあるとおり提案書どおりに建築を進めれば当部屋部分は納戸となるため提案書は優良誤認となります。居室とするためにはトップライト窓が必要となりますが、それはセット商品の標準仕様であって買主の追加負担にはならないと理解しています。
・そもそも、建築請負契約書の規定は今回の場合も適用されるものなのでしょうか。建築士は納戸に変更となることを買主に説明する必要はなかったのでしょうか。