敷金預済託の証明ができない場合には、返金しなければならないのでしょうか？

Q.ご相談内容

１年前に退去したアパートの不動産会社からいきなり電話があり、「退去した際に、入居時に敷金を収めていたと思って、退去費用を除いた残金を間違えて返金してしまった。(退去費用２６，０００円/返金約５０，０００円)なので、返金した５０，０００円を返金して頂かないといけない。」とのことでした。

以前のアパートを契約したのは３年前で、敷金など収めたかどうか書類も破棄したので私自身覚えておらず、私から預かってないお金(敷金)なので返金するべきなのかとも思うが、どうしてこの事態が発覚するまでに１年もかかったのか(相手は年末の決算の時期が〜・・・とのこと)、不動産会社は契約時の書類を管理しているはずだがその書類の管理はどうなっているのか、お金の動きがあるのになぜ入金する際にも誰も気づかなかったのか、腑に落ちない点が多く、納得できない状況です。

１年前に退去費用だけなら支払うことが可能だったかもしれないが、それが１年たってからその倍の金額を支払ってとなると以前と生活も変わっていて厳しい部分もあり、なにより向こうのミスでの返金なのになぜ私だけが負担しなければならないのか、納得ができません。
こういった場合は、絶対にこちらが全額返金する義務があるのでしょうか？不動産会社側の過失を問うことはできないのでしょうか。