宅建業者に売却した建物の契約不適合責任と転取得者への責任について教えてください。

まず、契約不適合責任を負うかどうかについてですが、宅建業法では売主が宅建業者の場合に、契約不適合責任を負わないという契約は無効となりますが、個人が売主で買主が宅建業者の場合に、契約不適合責任を負わないという法的なルールはございません。
したがって、契約書に契約不適合責任を負う旨の記載があるのであれば、売主は契約どおり契約不適合責任を負うことになります。

ただ、メールによれば、雨水の件は買主にすべてご説明をされているとのことです。
買主がそれをわかって買ったことになりますので、その次に持ち主が変わったとしても、契約不適合責任を負うのはその業者です。

契約不適合責任というのは売買当事者間で「隠れた瑕疵」が存在した場合に売主が負う責任です。
雨水トラブルは買主がすでに分かっているトラブルなので、「隠れた瑕疵」にはあたりません。
またすでに所有権を持っていない土地については、対応することができませんので、当然、現在の所有者の業者に連絡をしてもらうということになります。

契約書にトラブルの件の記載が何もないというのは気になりますので、今からでも遅くないので、買主の業者と認識を確認しできれば書面にしておいた方がよいかもしれません。
書面作成は、宅建業者である買主にお願いすればよいと思います。