家具設置跡の凹みは自然損耗になるのか教えてください。

Q.ご相談内容

退去費用の件で相談があります。
現在、退去費用の件で管理会社と連絡を取っています。管理会社の言い分としては、「洋室床凹み多数については、やはり自然損耗とは認定し難い（当社見解は賃借人の過失）ため、傷と共に凹みの補修として見積っています。」とのことです。

私の言い分としては、洋室の床の凹みはベッドを置いていたもので、国交省のガイドラインによると家具の設置跡は賃貸人負担であると確認しました。なので私は支払う必要はないと考えています。傷に関しては、私がパソコンを落としてしまいできたものなのでその点については支払うと伝えています。

まず、なぜ家具の設置跡による凹みを自然損耗と認定し難いのかわかりません。自然損耗と認定し難い根拠については管理会社に質問しても良いのでしょうか？
また、ベッド設置跡であると伝えたところ、なぜかベッドでは付かない跡だと言われました。なぜそのように言い切れるのでしょうか？　

管理会社に指摘された凹みの写真(私が撮影したもの、管理会社撮影したもの両方)、管理会社とのやりとりは全て記録として残してあります。