使用借権に基づき甥が所有する空き家の撤去をしたいのですが。

ご相談者様の土地に甥御様所有の建物があり、地代を払っておりませんのでご相談者様と甥御様の間には土地の使用貸借契約があると推察いたします。
使用貸借契約において、使用期間が定められていればその期間は使用でき、使用期間が定められていない場合、使用目的が定められていればその目的に従い使用及び収益を終えることによって終了するとされております。

甥御様と使用期間を定めていない場合、建物を使用していないので使用貸借契約を終了して土地の返還を主張できるかと存じます。
土地上に第三者の建物が存在する状態でも土地の売却はできますが、土地の使用ができない為、更地と比べると売却価格は安くなってしまいます。土地を売却されるなら更地にされてから売却されることをお勧めいたします。

土地を返還する際に建物の撤去費用は借主の負担とされていますが、甥御様に解体を依頼すると使用していない建物の解体費用の支払いを拒否し交渉が難航するなどお時間がかかる可能性がございます。
よって甥御様と顔を合わせるのを避ける場合は、弁護士などの代理人を選任して任せるか、ご相談者様が建物を解体されることをお勧めいたします。
なお、ご相談者様が建物を解体する場合は、甥御様に使用貸借契約の終了を書面にて通知する必要がございますのでご注意ください。