市街化調整区域内に購入した土地に係る開発費の分担と計画遅延について相談させてください。

Q.ご相談内容

去年の９月にハウスメーカーからの紹介で市街化調整区域の、もともと田んぼと雑種地の土地を購入することになり、手付金も支払い打ち合わせを重ねてきました。
最初の話では６月頃には引渡し予定でした。ところが１２月頃に開発費用がかかることになったと。しかし不動産屋さんの確認ミスが原因で発覚が遅くなったということで全額負担ではなく、折半でなんとか納得しました。
４月、許可が下りるのに時間がかかると言ってまだ着工してまいません。すると、今度は土地を囲っている擁壁をし直さないと許可が下りないと言ってきました。それとマンホールを１号マンホールにやり変えることも必要だと。
それで見積もりをお願いするとマンホール変更に１５０万、擁壁の撤去とやり直しに１９０万かかると言われました。
費用がかかるのは仕方ないことだと思うのですが、分かるまでこんなに時間のかかるものなのでしょうか？夏から今まで時間があったので間取りも内装も全部決まっています。契約前かせめて契約直後に分かっていれば間取りや内装でどうにか費用を抑えられたかもしれないのに。
これはよくある話ですか？
追加費用がかかることがこんなに遅く分かるのは普通ですか？
許可に時間がかかるのは仕方ないことですか？