隣家の土地の一部が自家の土地であると判明した場合、過去にさかのぼって借地賃料を請求できますか？また、土地を売却する場合の手順と手数料について教えてください。

質問１について
土地の公図や地積測量図であれば、法務局でも取得できるものですので、お見せ頂いても問題ないかと思います。

質問２について
土地を貸していたことになる場合には、賃料の清算が可能となります。
賃料については５年より前の賃料については時効によりすでに消滅をしておりますので、５年分の賃料は請求することができます（民法１６９条）。しかし、過去の賃料を清算するとなると、その金額や、そもそも貸していたということを立証する必要があります。そのためには賃貸借契約書といった書面の存在がないと現実には難しいと思います。
加えて、本件土地については、隣家から時効による所有権を主張されることも考えられます。自らのものでないことを知っていた場合で２０年、知らなかった場合には１０年、本件土地を自らのものとして使用していた場合には、時効により隣家の所有権が認められることになります。
したがって、賃貸借契約書などの書面がないのであれば、弁護士などの法律の専門家にご相談いただき、過去の賃貸借関係を主張できるのか、隣家からの時効の主張の可能性も鑑みて、賃貸借を主張せず、隣家のお申し出どおりに土地をご売却されたほうがよろしいのか、ご判断ください。

質問３について
売買になった場合には、対象地の測量、分筆および登記、売買契約書締結といった手続きが必要となります。そのうえで、仲介手数料、測量費用、登記費用、売買契約書に貼付する収入印紙代といった費用が必要となります。
また、通常不動産売買においては、譲渡取得税、住民税、印紙税といった税金がかかります。具体的な税金額等については、かならず税理士にご相談ください。